Les départements jouent un rôle structurant en matière d'enseignement et de recherche. Les enseignants-chercheurs qui constituent un département effectuent leur enseignement dans un des grands domaines et leur recherche dans les différents laboratoires et projets/programmes.
Sept départements sont situés sur le campus de Brest (Informatique / Image et traitement de l'information / Langues, médiation scientifique, activités physiques, sportives et d'expression / Logique des usages, sciences sociales et sciences de l'information / Mathematical and Electrical Engineering / Micro-ondes / Optique), quatre sur le campus de Nantes (Automatique productique et informatique / Sciences sociales et de gestion / Systèmes énergétiques et environnement / Physiques subatomiques et technologies) et un sur le campus de Rennes (Systèmes réseaux, cybersécurité et droit du numérique).
